A resposta é DEPENDE.
A princípio, o ditado “o contrato faz lei entre as partes” é válido sim, até em razão da necessidade de segurança jurídica nas relações. Porém, este não é um conceito absoluto, nunca foi, e, com o passar do tempo, tem sido visto com cada vez mais ressalvas.
Isto porque, o Direito que foi feito para regular a vida em sociedade, não pode ser estático e engessado, porque a nossa vida não é assim, ao contrário, ela é dinâmica. Por isso, não é possível crer que tudo aquilo que for escrito tem validade jurídica, até porque, o papel aceita tudo, mas não a lei.
Temos inúmeros exemplos de situações em que a legislação, e não só a brasileira, permite que o Poder Judiciário faça a revisão de cláusulas contratuais, tanto para declarar que elas são nulas, como para incluir no contrato obrigações que as partes, inicialmente, não tinham pactuado.
E, a depender do contexto que se apresente, como por exemplo se for um contrato que se submeta às disposições do Código de Defesa do Consumidor, maior ainda será a possibilidade da flexibilização de suas cláusulas pelo juiz.